Τα μικροσκόπια ταξινομούνται με βάση την αρχή της μικροσκοπίας και μπορούν να χωριστούν σε πολωτική μικροσκοπία, οπτική μικροσκοπία, ηλεκτρονική μικροσκοπία και ψηφιακή μικροσκοπία.
1. Το πολικό μικροσκόπιο είναι ένας τύπος μικροσκοπίου που χρησιμοποιείται σε ερευνητικά ινστιτούτα για διαφανή και αδιαφανή ανισότροπα υλικά και έχει σημαντικές εφαρμογές σε μεγάλες επιστήμες και μηχανικές, όπως η γεωλογία.
2. Τα οπτικά μικροσκόπια αποτελούνται συνήθως από οπτικά μέρη, φωτιστικά μέρη και μηχανικά μέρη. Ένα οπτικό μικροσκόπιο μπορεί να μεγεθύνει ένα αντικείμενο 1600 φορές, με ελάχιστο όριο ανάλυσης 0,1 μικρόμετρα.
3. Τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια έχουν βασικά δομικά χαρακτηριστικά παρόμοια με τα οπτικά μικροσκόπια, αλλά έχουν πολύ υψηλότερες δυνατότητες μεγέθυνσης και ανάλυσης για αντικείμενα, χρησιμοποιώντας τη ροή ηλεκτρονίων ως νέα πηγή φωτός για την απεικόνιση αντικειμένων.
4. Τα φορητά μικροσκόπια είναι κυρίως μια επέκταση της σειράς ψηφιακών μικροσκοπίων και βίντεο μικροσκοπίων που έχουν αναπτυχθεί τα τελευταία χρόνια
